Uma complicação rara da doença são cãibras musculares, osteoporose, desnutrição aguda e óbvia, com protuberâncias e ascites nos membros. A doença pode afetar o sistema nervoso de uma maneira desconhecida, causando dormência nos membros com ataxia cerebral devido à sua calcificação no cerebelo. E as doenças associadas que os médicos notaram em pacientes com intolerância ao trigo mais do que outras doenças alérgicas e auto-imunes , que incluem a doença de Hashimoto, que afeta a glândula tireóide e o diabetes tipo I e a doença de Schugren, e doenças associadas, além da doença inflamatória intestinal, doença hepática crônica, epilepsia e cirrose biliar primária
A deficiência de antibióticos também é mais comum em pessoas com alergias ao trigo, e complicações a longo prazo da osteoporose ocorrem mesmo em pacientes que aderem a alimentos sem glúten.