O Parkinson afeta os nervos que secretam a dopamina. Destrói o nervo transferido da substância presa no cérebro do meio para os gânglios da base. Na anatomia post-mortem, o material aprisionado é afetado pelo desaparecimento da melanina nele
Sob o microscópio, há uma perda de muitos nervos na área da substância e, quando o exame microscópico dos nervos restantes, há objetos distintos dentro desses neurônios, chamados corpos de Lewy. Os sintomas da doença de Parkinson geralmente ocorrem após 60-80%. Quando a dopamina é perdida, os outros neurotransmissores aumentam especialmente o transportador colinérgico, pois a deficiência de dopamina e o aumento do transporte colinérgico levam à doença de Parkinson.